El prior comienza a leerle la recomendación del alma. “Dígame, padre, de los Cantares, que eso no es menester”, suplica afablemente. Y cuando le están leyendo versículos del Cantar de los Cantares, comenta ilusionado: “¡Oh, qué preciosas margaritas”
Suenan las doce en el reloj de la Iglesia del Salvador. Francisco sale de la celda del enfermo para tocar a Maitines. “¿a que tañen”, pregunta fray Juan al oír las primeras campanadas. Cuando le dicen que a Maitines, como si le hubieran dado la señal de la partida exclama gozoso: “¡Gloria a Dios que al Cielo los iré a decir! Pone sus labios en el crucifijo que tiene en las manos, dice pausadamente: “en tus manos, Señor, encomiendo mi espíritu”, y expira. Es el 14 de Diciembre de 1591